金針菇的冷藏保鮮程序為：采收→修整→包裝→冷藏→起運。
(1)采收 金針菇子實體在高濕和含水量過大時常出現(xiàn)黏液，采收前切忌水分過大，應于采收前24小時停止噴水，或通風，以利保鮮。采收后先行粗修剪，即留菇柄較上市要求長 1厘米左右。
(2)排濕 將鮮金針菇按等級分開，整齊擺放于曬簾上，置于陽光下通風處，自然排濕1～2小時。
(3)裝筐冷藏 按規(guī)格分別裝入塑料筐或紙箱內(nèi)，內(nèi)襯無毒塑料薄膜，置于1～4℃冷庫內(nèi)保鮮。
(4)修整包裝起運 起運前一天去柄1厘米左右，包裝。大包裝為泡沫塑料箱，內(nèi)襯無毒塑料薄膜，外套專用紙箱。
