1、環(huán)境 菌種生產(chǎn)提倡清潔生產(chǎn)，菌房事先應(yīng)消毒處理，最好采用2種以上方法交叉消毒，避免雜菌產(chǎn)生抗藥性。出現(xiàn)雜菌的菌袋應(yīng)及時隔離處理，嚴重的必須及時遠扔深埋，不能在生產(chǎn)場地堆積。
2、原料 選擇經(jīng)濟實用、來源廣泛的原料，已霉變、腐爛的原料不要采用。培養(yǎng)料中各種物質(zhì)的配制比例要適當，特別是要有適宜的碳氮比。對不同種類的食用菌菌種應(yīng)選擇適宜的 PH值。培養(yǎng)料的含水量要合適，拌料要均勻，配好料及時分裝。
3、滅菌 滅菌是菌神生產(chǎn)的關(guān)鍵，滅菌要徹底。常壓蒸汽滅菌注意滅菌倉內(nèi)不能有死角；高壓蒸汽滅菌排放冷空氣要徹底，防止產(chǎn)生假壓，影響滅菌效果。
4、接種 接種要選擇優(yōu)良菌株。接種必須在無菌條件下進行。對培養(yǎng)基、接種工具、操作環(huán)境需嚴格滅菌，接種過程嚴守無菌操作規(guī)程，不得混入任何雜菌，以確保菌種質(zhì)量。
5、培養(yǎng) 菌種培養(yǎng)過程中要經(jīng)常檢查，發(fā)現(xiàn)有雜菌感染應(yīng)立即取出，沒有適時萌發(fā)的菌瓶(或試管)應(yīng)單獨陳放或補種。經(jīng)常檢查和調(diào)節(jié)溫度，使菌絲在適溫下生長。當菌絲快要長滿時，將培養(yǎng)溫度降低2-3℃，則菌絲將更加健壯有力，適當通風換氣，保持菌房空氣新鮮。
6、貯藏 菌種長好之后應(yīng)及時使用，此時菌絲處于最佳生長期，接種到新的培養(yǎng)料上能表現(xiàn)較強的適應(yīng)性。存放過久，培養(yǎng)時間太長，養(yǎng)分消耗多，菌絲老化，生活力顯著下降，增加后期污染。若暫時不用，要放在低溫、干燥、清潔的室內(nèi)避光保存。
