1、菌絲生長(zhǎng)階段易發(fā)生的雜菌
?、偾嗝梗呵嗝故亲钜装l(fā)生的絲狀菌。發(fā)育適溫30℃-35℃，但在20℃左右也長(zhǎng)得很好。青霉開(kāi)始蔓延時(shí)和金針菌絲相似，隨著逐漸成熟長(zhǎng)出青色孢子。
②曲霉：曲霉開(kāi)始繁殖時(shí)是白色菌絲，成熟后著生黃綠色孢子，發(fā)育適溫是30℃左右。栽培室在堆肥附近，或曾放過(guò)菌種，或附近有制曲廠都易生長(zhǎng)曲霉。一旦發(fā)生曲霉，會(huì)使菌種污染而全部覆滅。
?、鄞竺梗汉颓瓜嗨疲敝沉?qiáng)。在培養(yǎng)基內(nèi)部蔓延，生成白色或灰黑色蜘蛛絲樣的菌絲，產(chǎn)生黑色孢子，發(fā)育適溫35℃左右。
④毛霉：和大毛霉一樣，繁殖力旺盛。在高溫下發(fā)育。
2、生長(zhǎng)于菇體上的雜菌
?、偾嗝梗?a target="_blank">金針菇的青霉是搔菌后侵入的。如發(fā)生青霉應(yīng)立即挖出并燒掉。進(jìn)行室內(nèi)消毒。消毒液是2%的硫酸銅液，或稀釋500倍的汞液。
?、诟。簻囟雀邥r(shí)易發(fā)生。繁殖之初在培養(yǎng)料表面滲出白色混濁水滴，有時(shí)會(huì)積滿瓶口。主要原因是培養(yǎng)料水分過(guò)多。發(fā)生根腐病后，應(yīng)立刻挖出燒掉。手接觸根腐病菌時(shí)，必須消毒。
?、酆诎卟。涸诠缴w上產(chǎn)生黑褐色斑點(diǎn)。多數(shù)不影響產(chǎn)量，但因菌蓋變黑而使價(jià)格下降。用冷水直接噴在菌蓋上易生這種病。
3、預(yù)防發(fā)生雜菌的措施
培養(yǎng)料中加入石灰，不僅可防止雜菌發(fā)生，也可促進(jìn)菇的發(fā)育。石灰以消石灰為好，加入量為培養(yǎng)料量的2%。加入方法，可先和米糠混合，或加至水中后混合。
4、細(xì)菌性褐斑病的防治
細(xì)菌性褐斑病是金針菇的主要病害之一，對(duì)生產(chǎn)影響較大。子實(shí)體染病后，輕者產(chǎn)生斑點(diǎn)，不宜罐裝，重者整叢變黑腐爛，失去食用價(jià)值。
防治措施：選用抗病的金針菇品種；合理調(diào)控菇房溫濕度，出菇期間菇房溫度應(yīng)控制在15℃以下，合理安排栽培季節(jié)；及時(shí)防治害蟲(chóng)，特別是刺吸式口器的昆蟲(chóng)；發(fā)病初期可用漂白粉或漂粉精兌水噴霧 （溶液內(nèi)含有效氯1%-1.5%）。
