目前，我國(guó)食用菌產(chǎn)業(yè)有了新發(fā)展，但也應(yīng)看到我國(guó)食用菌產(chǎn)業(yè)也存在一些問(wèn)題。一，我國(guó)栽培的食用菌育成的品種少并且不配套；二，菌種生產(chǎn)銷(xiāo)售管理混亂，胡亂引種、制種，隨意銷(xiāo)售現(xiàn)象普遍存在，菌種市場(chǎng)魚(yú)龍混雜，良莠不齊，同種異名，異名同種，劣質(zhì)退化菌種充斥市場(chǎng)，坑害菇農(nóng)事件時(shí)有發(fā)生；三，生產(chǎn)管理粗放，栽培技術(shù)落后；四，食用菌研究力量薄弱，缺乏研究食用菌的高級(jí)人才，尤其是那些真正能夠理論聯(lián)系實(shí)際的人才；五，食用菌生產(chǎn)缺乏專(zhuān)業(yè)化、標(biāo)準(zhǔn)化和產(chǎn)業(yè)化生產(chǎn)，生產(chǎn)效率、規(guī)模、產(chǎn)品質(zhì)量受到影響；六，食用菌保鮮加工的能力薄弱，缺乏更深層次的開(kāi)發(fā)利用；七，食用菌產(chǎn)品的商品流通渠道不暢、信息不靈，對(duì)國(guó)內(nèi)外市場(chǎng)信息研究不夠。
目前我國(guó)食用菌產(chǎn)業(yè)發(fā)展趨勢(shì)有：加強(qiáng)市場(chǎng)信息調(diào)研，防止盲目生產(chǎn)、一哄而起，挫傷菇農(nóng)生產(chǎn)積極性；由單一的栽培方式向多種栽培方式發(fā)展，并逐步趨向于工廠化、專(zhuān)業(yè)化生產(chǎn)，進(jìn)行集約化、產(chǎn)業(yè)化栽培；增加科技投入，借鑒歐、美、日先進(jìn)經(jīng)驗(yàn)和技術(shù)，提高科研水平和生產(chǎn)管理水平，特別是在遺傳育種上下大工夫；加強(qiáng)機(jī)械研究、推廣和應(yīng)用；開(kāi)發(fā)新原料資源（原輔料）；加強(qiáng)食用菌資源普查，建立食用菌基因庫(kù)，保護(hù)生物資源多樣性，為引種、馴化、育種和栽培提供寶貴的種質(zhì)資源，不斷加強(qiáng)開(kāi)發(fā)利用野生食用菌資源等。
