2006年3月27日農業(yè)部令第62號公布，2013年12月31日農業(yè)部令2013年第5號、2014年4月25日農業(yè)部令2014年第3號、2015年4月29日農業(yè)部令2015年第1號修訂。
第一章 總則
第一條 為保護和合理利用食用菌種質資源，規(guī)范食用菌品種選育及食用菌菌種（以下簡稱菌種）的生產、經營、使用和管理，根據《中華人民共和國種子法》，制定本辦法。
第二條 在中華人民共和國境內從事食用菌品種選育和菌種生產、經營、使用、管理等活動，應當遵守本辦法。
第三條 本辦法所稱菌種是指食用菌菌絲體及其生長基質組成的繁殖材料。
菌種分為母種（一級種）、原種（二級種）和栽培種（三級種）三級。
第四條 農業(yè)部主管全國菌種工作?？h級以上地方人民政府農業(yè)（食用菌，下同）行政主管部門負責本行政區(qū)域內的菌種管理工作。
第五條 縣級以上地方人民政府農業(yè)行政主管部門應當加強食用菌種質資源保護和良種選育、生產、更新、推廣工作，鼓勵選育、生產、經營相結合。
第二章 種質資源保護和品種選育
第六條 國家保護食用菌種質資源，任何單位和個人不得侵占和破壞。
第七條 禁止采集國家重點保護的天然食用菌種質資源。確因科研等特殊情況需要采集的，應當依法申請辦理采集手續(xù)。
第八條 任何單位和個人向境外提供食用菌種質資源（包括長有菌絲體的栽培基質及用于菌種分離的子實體），應當報農業(yè)部批準。
第九條 從境外引進菌種，應當依法檢疫，并在引進后30日內，送適量菌種至中國農業(yè)微生物菌種保藏管理中心保存。
第十條 國家鼓勵和支持單位和個人從事食用菌品種選育和開發(fā)，鼓勵科研單位與企業(yè)相結合選育新品種，引導企業(yè)投資選育新品種。
選育的新品種可以依法申請植物新品種權，國家保護品種權人的合法權益。
第十一條 食用菌品種選育（引進）者可自愿向全國農業(yè)技術推廣服務中心申請品種認定。全國農業(yè)技術推廣服務中心成立食用菌品種認定委員會，承擔品種認定的技術鑒定工作。
第十二條 食用菌品種名稱應當規(guī)范。具體命名規(guī)則由農業(yè)部另行規(guī)定。
第三章 菌種生產和經營
第十三條 從事菌種生產經營的單位和個人，應當取得《食用菌菌種生產經營許可證》。
僅從事栽培種經營的單位和個人，可以不辦理《食用菌菌種生產經營許可證》，但經營者要具備菌種的相關知識，具有相應的菌種貯藏設備和場所，并報縣級人民政府農業(yè)行政主管部門備案。
第十四條 母種和原種《食用菌菌種生產經營許可證》，由所在地縣級人民政府農業(yè)行政主管部門審核，省級人民政府農業(yè)行政主管部門核發(fā)，報農業(yè)部備案。
栽培種《食用菌菌種生產經營許可證》由所在地縣級人民政府農業(yè)行政主管部門核發(fā)，報省級人民政府農業(yè)行政主管部門備案。
第十五條 申請母種和原種《食用菌菌種生產經營許可證》的單位和個人，應當具備下列條件：
?。ㄒ唬┥a經營母種注冊資本100萬元以上，生產經營原種注冊資本50萬元以上；
?。ǘ┦〖壢嗣裾r業(yè)行政主管部門考核合格的檢驗人員1名以上、生產技術人員2名以上；
?。ㄈ┯邢鄳臏缇⒔臃N、培養(yǎng)、貯存等設備和場所，有相應的質量檢驗儀器和設施。生產母種還應當有做出菇試驗所需的設備和場所。
（四）生產場地環(huán)境衛(wèi)生及其他條件符合農業(yè)部《食用菌菌種生產技術規(guī)程》要求。
第十六條 申請栽培種《食用菌菌種生產經營許可證》的單位和個人，應當具備下列條件：
（一）注冊資本10萬元以上；
（二）省級人民政府農業(yè)行政主管部門考核合格的檢驗人員1名以上、生產技術人員1名以上；
（三）有必要的滅菌、接種、培養(yǎng)、貯存等設備和場所，有必要的質量檢驗儀器和設施；
（四）栽培種生產場地的環(huán)境衛(wèi)生及其他條件符合農業(yè)部《食用菌菌種生產技術規(guī)程》要求。
第十七條 申請《食用菌菌種生產經營許可證》，應當向縣級人民政府農業(yè)行政主管部門提交下列材料：
?。ㄒ唬┦秤镁N生產經營許可證申請表；
?。ǘI業(yè)執(zhí)照復印件；
?。ㄈ┚N檢驗人員、生產技術人員資格證明；
（四）儀器設備和設施清單及產權證明，主要儀器設備的照片；
?。ㄎ澹┚N生產經營場所照片及產權證明；
?。┢贩N特性介紹；
?。ㄆ撸┚N生產經營質量保證制度。
申請母種生產經營許可證的品種為授權品種的，還應當提供品種權人（品種選育人）授權的書面證明。
第十八條 縣級人民政府農業(yè)行政主管部門受理母種和原種的生產經營許可申請后，可以組織專家進行實地考查，但應當自受理申請之日起20日內簽署審核意見，并報省級人民政府農業(yè)行政主管部門審批。省級人民政府農業(yè)行政主管部門應當自收到審核意見之日起20日內完成審批。符合條件的，發(fā)給生產經營許可證；不符合條件的，書面通知申請人并說明理由。
縣級人民政府農業(yè)行政主管部門受理栽培種生產經營許可申請后，可以組織專家進行實地考查，但應當自受理申請之日起20日內完成審批。符合條件的，發(fā)給生產經營許可證；不符合條件的，書面通知申請人并說明理由。
第十九條 菌種生產經營許可證有效期為3年。有效期滿后需繼續(xù)生產經營的，被許可人應當在有效期滿2個月前，持原證按原申請程序重新辦理許可證。
在菌種生產經營許可證有效期內，許可證注明項目變更的，被許可人應當向原審批機關辦理變更手續(xù)，并提供相應證明材料。
第二十條 菌種按級別生產，下一級菌種只能用上一級菌種生產，栽培種不得再用于擴繁菌種。
獲得上級菌種生產經營許可證的單位和個人，可以從事下級菌種的生產經營。
第二十一條 禁止無證或者未按許可證的規(guī)定生產經營菌種；禁止偽造、涂改、買賣、租借《食用菌菌種生產經營許可證》。
第二十二條 菌種生產單位和個人應當按照農業(yè)部《食用菌菌種生產技術規(guī)程》生產，并建立菌種生產檔案，載明生產地點、時間、數量、培養(yǎng)基配方、培養(yǎng)條件、菌種來源、操作人、技術負責人、檢驗記錄、菌種流向等內容。生產檔案應當保存至菌種售出后2年。
第二十三條 菌種經營單位和個人應當建立菌種經營檔案，載明菌種來源、貯存時間和條件、銷售去向、運輸、經辦人等內容。經營檔案應當保存至菌種銷售后2年。
第二十四條 銷售的菌種應當附有標簽和菌種質量合格證。標簽應當標注菌種種類、品種、級別、接種日期、保藏條件、保質期、菌種生產經營許可證編號、執(zhí)行標準及生產者名稱、生產地點。標簽標注的內容應當與銷售菌種相符。
菌種經營者應當向購買者提供菌種的品種種性說明、栽培要點及相關咨詢服務，并對菌種質量負責。
第四章 菌種質量
第二十五條 農業(yè)部負責制定全國菌種質量監(jiān)督抽查規(guī)劃和本級監(jiān)督抽查計劃，縣級以上地方人民政府農業(yè)行政主管部門負責對本行政區(qū)域內菌種質量的監(jiān)督，根據全國規(guī)劃和當地實際情況制定本級監(jiān)督抽查計劃。
菌種質量監(jiān)督抽查不得向被抽查者收取費用。禁止重復抽查。
第二十六條 縣級以上人民政府農業(yè)行政主管部門可以委托菌種質量檢驗機構對菌種質量進行檢驗。
承擔菌種質量檢驗的機構應當具備相應的檢測條件和能力，并經省級人民政府有關主管部門考核合格。
第二十七條 菌種質量檢驗機構應當配備菌種檢驗員。菌種檢驗員應當具備以下條件：
（一）具有相關專業(yè)大專以上文化水平或者具有中級以上專業(yè)技術職稱；
?。ǘ氖戮N檢驗技術工作3年以上；
?。ㄈ┙浭〖壢嗣裾r業(yè)行政主管部門考核合格。
第二十八條 禁止生產、經營假、劣菌種。
有下列情形之一的，為假菌種：
?。ㄒ唬┮苑蔷N冒充菌種；
（二）菌種種類、品種、級別與標簽內容不符的。
有下列情形之一的，為劣菌種：
（一）質量低于國家規(guī)定的種用標準的；
（二）質量低于標簽標注指標的；
?。ㄈ┚N過期、變質的。
第五章 進出口管理
第二十九條 從事菌種進出口的單位，除具備菌種生產經營許可證以外，還應當依照國家外貿法律、行政法規(guī)的規(guī)定取得從事菌種進出口貿易的資格。
第三十條 申請進出口菌種的單位和個人，應當填寫《進（出）口菌種審批表》，經省級人民政府農業(yè)行政主管部門批準后，依法辦理進出口手續(xù)。
菌種進出口審批單有效期為3個月。
第三十一條 進出口菌種應當符合下列條件：
?。ㄒ唬儆趪以试S進出口的菌種質資源；
?。ǘ┚N質量達到國家標準或者行業(yè)標準；
?。ㄈ┚N名稱、種性、數量、原產地等相關證明真實完備；
?。ㄋ模┓?、法規(guī)規(guī)定的其他條件。
第三十二條 申請進出口菌種的單位和個人應當提交下列材料：
（一）《食用菌菌種生產經營許可證》復印件、營業(yè)執(zhí)照副本和進出口貿易資格證明；
（二）食用菌品種說明；
?。ㄈ┓系谌粭l規(guī)定條件的其他證明材料。
第三十三條 為境外制種進口菌種的，可以不受本辦法第二十九條限制，但應當具有對外制種合同。進口的菌種只能用于制種，其產品不得在國內銷售。
從境外引進試驗用菌種及擴繁得到的菌種不得作為商品菌種出售。
第六章 附則
第三十四條 違反本辦法規(guī)定的行為，依照《中華人民共和國種子法》的有關規(guī)定予以處罰。
第三十五條 本辦法所稱菌種種性是指食用菌品種特性的簡稱，包括對溫度、濕度、酸堿度、光線、氧氣等環(huán)境條件的要求，抗逆性、豐產性、出菇遲早、出菇潮數、栽培周期、商品質量及栽培習性等農藝性狀。
第三十六條 野生食用菌菌種的采集和進出口管理，應當按照《農業(yè)野生植物保護辦法》的規(guī)定，辦理相關審批手續(xù)。
第三十七條 本辦法自2006年6月1日起施行。1996年7月1日農業(yè)部發(fā)布的《全國食用菌菌種暫行管理辦法》（農農發(fā)〔1996〕6號）同時廢止，依照《全國食用菌菌種暫行管理辦法》領取的菌種生產、經營許可證自有效期屆滿之日起失效。