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    草菇GH61家族基因的生物信息學分析及金屬離子對其表達水平的影響


    【發(fā)布日期】:2019-01-22  【來源】:菌物學報
    【作者】饒佳 鮑大鵬 李燕 汪瀅 程向陽 王瑩
    【機構】國家食用菌工程技術研究中心農業(yè)部 南方食用菌資源利用專業(yè)重點實驗室 上海市農業(yè)遺傳育種重點開放實驗室上海市農業(yè)科學院食用菌研究所 上海海洋大學食品科學與工程學院
    摘要:在前期工作中發(fā)現草菇含有30個GH61家族基因同源物(Vvgh611至Vvgh6130),進一步分析了這些基因的結構特點以及其編碼蛋白基本性質和系統(tǒng)進化關系,并研究了Cu2+和Mn2+對基因表達水平的影響。分析表明有17個草菇GH61基因串聯(lián)成6個基因簇,存在明顯的串聯(lián)重復現象,系統(tǒng)發(fā)育樹與基因外顯子位置分析表明串聯(lián)重復基因分布在同一進化分枝上并具有相似的基因結構,串聯(lián)重復基因編碼序列一致性在71%–94%之間。草菇GH61編碼蛋白的氨基酸數目在217–442aa之間,分子量和等電點分別介于22.4–45.4k Da和5.2–9.3之間,絕大多數都含有信號肽并定位在細胞外,都含有Glycohydro61功能域以及CBM1、peroxidase等多樣化的功能域,系統(tǒng)進化樹表明草菇GH61家族基因具有3個主要進化分枝,與灰蓋鬼傘等的GH61基因有較近的進化關系。金屬離子誘導作用顯示,Mn2+對草菇GH61家族基因的表達水平存在誘導作用而Cu2+的誘導作用不明顯。 還原
    基金:上海市科技人才計劃項目(13XD1424700)~~;
    關鍵詞:草菇; GH61家族; 串聯(lián)重復; 基因表達;
     
     
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