食用菌的遺傳性相對是穩(wěn)定的，但是食用菌的變異又是非常普遍的。食用菌的變異是環(huán)境條件，如營養(yǎng)、光照、水分、溫度等引起的，而這些變異往往是暫時的，只有通過基因的突變才能獲得永久的、可遺傳的變異。人們致力尋找食用菌中自然發(fā)生的或經人工誘變而產生的有益于人類的變異，并想辦法把這些變異穩(wěn)定下來，就能得到新菌種。人工選育良種有如下方法。
一、人工選擇：人工選擇是有目的地選擇并累積自發(fā)的、有益的、變異的過程。首先，要確定選種目標，擴大采集范圍，盡可能收集足夠的、有代表性的菌株。食用菌的菇（或耳）采到后，盡快進行組織分離或單孢分離取得純種。得到的純種要進行生理性能測定。把選出的菌株進行品比試驗，再進行擴大試驗，然后才能推廣使用。
二、誘變育種：利用物理或化學因素處理細胞群體，激發(fā)其中少數(shù)細胞的遺傳物質發(fā)生變異，從中選出具有優(yōu)良性狀的菌株。紫外線、X射線等都是常用的誘變劑，還有常用的化學劑如氯芥、2―氨基嘌呤等。育種時選用在生產中應用過而發(fā)生了自然變異的菌株，選用生長快速、營養(yǎng)要求低、出菇早、適應性強等性狀的菌株，選用對誘變劑敏感菌株等能收到較好效果。
三、雜交育種：雜交育種是一種遺傳物質在細胞水平上的重組過程。因為食用菌能產生有性孢子所以能通過有性雜交育種，從而獲得具雙親優(yōu)良性狀的新品種。雜交育種中通常通過單核菌絲配對的方式產生新的子代，也有單核與雙核菌絲配對的。雜交后得到的雜合異核菌絲體要經過是否真正雙核菌絲體或具鎖狀聯(lián)合菌絲體來鑒定。
四、遺傳工程：用人工方法把人的需要的某一供體生物的遺傳物質DNA提取出來，在離體條件進行切割后，把它和作為載體的DNA分子連接起來，然后導入某一受體細胞，從而獲得所要求的新物種。
