《植物遺傳資源學(xué)報(bào)》的前身是中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物品種資源研究所和中國(guó)農(nóng)學(xué)會(huì)遺傳資源分會(huì)主辦的《作物品種資源》（1982年創(chuàng)刊），該刊共出版了17年發(fā)行70期，兩次入選全國(guó)農(nóng)作物、農(nóng)學(xué)類核心期刊（為第16位）。2000年改名《植物遺傳資源科學(xué)》，共出版3年12期，發(fā)表論文近120萬(wàn)字。2002年11月8日國(guó)家科學(xué)技術(shù)部批準(zhǔn)《植物遺傳資源學(xué)報(bào)》創(chuàng)刊，主辦單位變更為中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院和中國(guó)農(nóng)學(xué)會(huì)。2003年辦理了期刊出版許可證和ISSN國(guó)際統(tǒng)一刊號(hào)，重新設(shè)計(jì)封面，并改開(kāi)本為大16開(kāi)，頁(yè)碼增加到96頁(yè)。2006年主辦單位變更為中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院作物科學(xué)研究所和中國(guó)農(nóng)學(xué)會(huì)，頁(yè)碼增加到128頁(yè)。2007年對(duì)封面作了重新設(shè)計(jì)，內(nèi)頁(yè)全部為銅版紙印刷。 2002年第一屆編委會(huì)成立，編委會(huì)組成后，由正副主任輪流擔(dān)任各期的責(zé)任主編，在刊物質(zhì)量方面嚴(yán)格把關(guān)。2006年第2屆編委會(huì)成立，并于11月17日召開(kāi)了第一次會(huì)議，編委會(huì)主任萬(wàn)建民、顧問(wèn)董玉琛和主編劉旭在會(huì)上講話，對(duì)學(xué)報(bào)的發(fā)展寄予厚望。

　　經(jīng)過(guò)編輯部全體工作人員的共同努力，《植物遺傳資源學(xué)報(bào)》在稿件數(shù)量和質(zhì)量方面都有較大提高，2003年被科技部西南信息中心“中文科技期刊數(shù)據(jù)庫(kù)”收錄，被中國(guó)科學(xué)技術(shù)信息研究所和北京萬(wàn)方數(shù)據(jù)股份有限公司“萬(wàn)方數(shù)據(jù)-數(shù)字化期刊群”全文收錄，被“中國(guó)核心期刊(遴選)數(shù)據(jù)庫(kù)”收錄；入選“中國(guó)學(xué)術(shù)期刊綜合評(píng)價(jià)數(shù)據(jù)庫(kù)”統(tǒng)計(jì)源期刊。

　　2004年公開(kāi)發(fā)行，同年榮獲全國(guó)優(yōu)秀農(nóng)業(yè)期刊學(xué)術(shù)類二等獎(jiǎng)，影響因子0.323。

　　2005年度影響因子0.872，被《中國(guó)生物學(xué)文摘》和中國(guó)生物學(xué)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫(kù)收錄。

　　2006年榮獲全國(guó)農(nóng)業(yè)期刊金犁獎(jiǎng)學(xué)術(shù)類二等獎(jiǎng)；影響因子0.873；被中國(guó)學(xué)術(shù)期刊文摘（中文版）收錄。

　　2007年影響因子0.941。

　　2007年2月被中國(guó)科學(xué)院文獻(xiàn)情報(bào)中心、中國(guó)科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫(kù)收錄為中國(guó)科學(xué)引文數(shù)據(jù)庫(kù)(CSCD)核心期刊；6月被中國(guó)科學(xué)技術(shù)信息研究所收錄為中國(guó)科技核心期刊（中國(guó)科技論文統(tǒng)計(jì)源期刊）。

　　2008年進(jìn)入全國(guó)中文核心期刊。

　　2009年進(jìn)入中國(guó)科技核心期刊和全國(guó)中文核心期刊，影響因子已達(dá)到1.015。